2044年，纽约已成废墟。外星军团撕裂天空，传说中的忍者神龟濒临覆灭。当最后的希望熄灭，他们押上时空最后的赌注——将年轻弟子凯西送回过去，寻找那把逆转未来的钥匙。现在，两个时空的龟影重叠。年轻的莱昂纳多尚未成为领袖，米开朗基罗仍沉迷披萨，但他们必须与未来的自己并肩作战。女记者艾普奥尼尔手中的线索，可能是拯救两个世界的最后密码。当传送门在时空中闪烁，他们面对的不仅是外星军团，更是命运本身的选择：改变过去，真的能赢得未来吗？这场跨越时空的终极忍者之战，即将撕裂时间帷幕。