在拥有230万学生的未来都市，七位顶级超能力者傲视群雄。当排名第三的“超电磁炮”御坂美琴卷入一场以她为蓝本的黑暗实验，上万复制体正被批量“销毁”。她引以为傲的能力，竟成为屠杀的源头。面对军方、学园与道德的三重围剿，这位常盘台的王牌必须突破极限——在最后一个复制体被清除前，揭开这场实验背后令人战栗的真相。