救世主尼奥觉醒归来，锡安却迎来灭顶之灾——两万五千只电子乌贼如潮水般涌向人类最后的堡垒。墨菲斯团队被迫双线作战：一边在现实世界坚守摇摇欲坠的防线，一边重返数字牢笼寻找能改写命运的“制钥者”。而最致命的危机竟来自内部——本应消失的特工史密斯发生诡异变异，获得无限复制能力，正以病毒般的速度侵蚀整个矩阵。当人类存亡进入倒计时，尼奥不仅要对抗机器大军，更要面对这个超越系统规则的“失控幽灵”。钥匙与锁孔即将相遇，但开门后迎接人类的，会是曙光还是更深的黑暗？