天才高中生侦探工藤新一，因追查神秘黑衣组织而遭暗算，竟被毒药变回七岁孩童！为隐藏身份，他化名江户川柯南，寄住在青梅竹马小兰家中。借助阿笠博士的特制装备，他以小学生之躯潜伏在侦探事务所，借小兰父亲办案之机暗中追查组织线索。当少年侦探团意外成立，真相与危险同时逼近——柯南能否在黑衣人眼皮底下破解谜团，找回消失的十七岁？这场智力与生命的双重冒险，此刻正式拉开帷幕。