天才高中生侦探工藤新一，因追查神秘黑衣组织被灌下毒药，竟缩成七岁孩童！为隐藏身份，他化名江户川柯南，寄居在青梅竹马小兰家中。借助阿笠博士的黑科技装备，他一边协助糊涂侦探毛利小五郎破案，一边在少年侦探团的掩护下，暗中追查那个让他身体缩小的黑暗组织。当真相步步逼近，柯南能否在身份暴露前找到解药？而那个潜伏在暗处的庞大犯罪组织，又隐藏着怎样惊人的秘密？