十四年前，初号机的觉醒几乎毁灭世界。如今，残存的人类组织Wille派遣明日香与真里夺回被封存的初号机与少年碇真嗣，却严禁他再次登机。迷茫的真嗣在敌意中随神秘出现的绫波丽登上九号机，重返已成废墟的NERV总部。等待他的是熟悉却陌生的绫波，以及父亲冷酷的宣告——他将与美少年渚薰共同执行人类补完计划。当禁忌的初号机再次低吼，真嗣的选择将决定人类最后的命运：是救赎，还是彻底的终结？