X档案关闭，真相被掩埋。穆德与斯科莉被迫分离，一个在监听中窥探黑暗，一个在校园里重拾平静。然而，当一名国会议员离奇死亡，两人发现这并非孤立事件——一个跨越数十年的惊天阴谋正浮出水面。他们必须重拾信任，在重重监视下再次联手，面对比外星威胁更可怕的敌人：来自内部的背叛。这一次，他们追查的真相，可能彻底颠覆他们所知的一切。