显微镜下的世界暗流涌动，肉眼看不见的菌群帝国正上演着关乎存亡的史诗。平凡的农大学生泽木惣右卫门直保，拥有看见并沟通细菌的奇异能力，他将再次被卷入这场微观与宏观交织的奇妙冒险。当熟悉的菌群伙伴回归，全新的危机也随之浮现，一场关乎校园、农业乃至整个生态平衡的无声战争，即将在七月悄然打响。