2025年，距离《钢铁吉克》传奇已过去半个世纪。笼罩九州的“谜之区域”依旧存在，巨大的危机再度降临。当古代邪神“埴轮幻神”于下关重现，少年草薙剑人被迫继承宿命，驾驶传说中的超机器人“钢铁神吉克”挺身而出。一场跨越时空的守护之战，在人类存亡的悬崖边轰然启动。