1999年，真未来市。来自2027年的少女明智安娜，意外穿越时空，与怀揣侦探梦想的小林未来相遇。当神秘的幻影怪盗团开始掠夺人们最珍贵的记忆与宝物，城市陷入恐慌。两位少女决定不再旁观，她们携手变身，以“名侦探光之美少女”之名，在世纪末的迷雾中，揭开谜团，守护希望与未来。