原子物理学家冲田彻夫在四国山脉发现了蕴含恐怖能量的神秘元素“超铀”。他的发现引来了觊觎力量的邪恶组织，一场关乎世界命运的争夺战就此展开。在返回东京的途中，冲田教授遭遇伏击，秘密也随之陷入危机。假面骑士V3必须挺身而出，与凶残的毒蝎帮怪人展开殊死对决，守护这足以颠覆世界的科学力量。