尼奥被困于母体与现实间的夹缝，被墨菲斯与崔妮蒂拼死救出。与此同时，电子乌贼大军猛攻锡安，人类机甲战士浴血抵抗，危在旦夕。尼奥与崔妮蒂孤注一掷闯入机器城市，与机器大帝达成赌约：除掉失控的史密斯，换取人类和平。母体内，尼奥与史密斯展开毁灭级对决，这场终极之战将决定所有生命的未来。