尼奥的肉身昏迷，思想被困“火车人”掌控的中间地带，墨菲斯与崔妮蒂拼死营救。与此同时，电子乌贼疯狂围攻锡安，人类机甲部队浴血奋战。尼奥孤身闯入机器之城，与“机器大帝”达成以命换和平的协议——除掉失控的史密斯。母体中的终极对决，将决定人类存亡与虚拟世界的命运，一场关于自我牺牲与矩阵革命的巅峰终局。