尼奥意识被困于“母体”与现实之间的黑暗地带，墨菲斯与崔妮蒂不惜血战救他归来。与此同时，电子乌贼大军对锡安发动毁灭性攻击，人类机甲部队拼死抵抗。尼奥与崔妮蒂孤注一掷闯入机器城，与机器大帝达成协议——以摧毁不受控制的史密斯换取锡安和平。最终，尼奥与史密斯在“母体”中展开决定人类命运的最后对决。