尼奥死而复生成为救世主，锡安基地面临两万五千只电子乌贼的末日袭击。他与崔妮蒂、墨菲斯重返母体寻找“制钥者”，企图从系统内部摧毁矩阵。而失控的特勤史密斯正疯狂复制自己，成为尼奥最致命的绊脚石——每一步都是陷阱，每一秒接近真相，也接近预设的毁灭。