2027年，陆军中佐离奇死于街头，生前深陷军火丑闻。阴雨之夜，尚未成为“少佐”的草薙素子为追寻真相，在墓地与公安九课课长荒卷相遇——棺椁已空，尸体不翼而飞。一场由失踪遗体引发的调查，将她卷入更深的漩涡。她与未来的战友巴特、陀古萨初次邂逅，在危机四伏的追查中步步逼近核心：这不仅是谋杀，更是一场足以动摇国家根基的阴谋序幕。当电子脑中的秘密被唤醒，攻壳机动队的传奇，便从这场雨夜开始。