公安九课少校草薙素子奉命调查运输机神秘并机事件，却突遭武装分子伏击。全国交通系统随之瘫痪，危机四伏。这一切都与前部队长官曾我和哉有关——他被指控制造难民惨案，却声称要揭露国家阴谋。素子深入调查，发现真相远比表面复杂。在阴谋与背叛的漩涡中，她将如何抉择？这不仅是一场生死追击，更是她走向组建自己部队的关键转折。当系统崩溃、信任瓦解，谁才是真正的敌人？