圣诞夜的血色协议，警察枪口竟对准抗议民众。当屠杀的硝烟散尽，名为“火种”的神秘病毒开始蔓延。草薙素子与同伴救下全身义体的少女艾玛，却发现她的虚拟记忆竟是恐怖活动的钥匙。公安9课与军方展开争夺，而艾玛体内竟藏着两个灵魂。在护送途中，草薙逐渐揭开被层层掩盖的真相——这场屠杀背后，究竟隐藏着怎样撼动整个国家的阴谋？当记忆可以被篡改，你还能相信自己的眼睛吗？