雨果的父亲大山，守护着一个惊天秘密：她失踪的母亲，曾踏入一个与人类世界平行的“神秘世界”。那里美如幻境，却也暗藏法则——人类停留超过三天，就将永久变成动物。当雨果发现父亲藏起所有寄给母亲的信，真相被迫揭开。她与父亲重返神秘世界，重逢族长啦啦等老友。然而重逢喜悦未散，一只癫狂的企鹅带来末日预警：恶龙入侵了神的领地，世界濒临毁灭。而雨果母亲的踪迹，似乎与这场灾难紧密相连……她能否在倒计时开始前，揭开谜团，拯救两个世界？