十四年前，初号机的觉醒几乎毁灭世界。如今，残存的人类组织Wille派遣明日香与真里夺回封印在太空的初号机与碇真嗣，却严禁真嗣再次登机。迷茫的真嗣跟随神秘出现的绫波丽，返回已成废墟的NERV总部，重逢思念之人，更被告知将与美少年渚薰共同驾驶十三号机。十四年的空白、破碎的信任、父亲的秘密——温柔渚薰的微笑背后，隐藏着颠覆一切的真相。当少年再次握住操纵杆，等待他的究竟是救赎，还是更深的绝望？