明治维新十年后，刽子手拔刀斋已成往事。绯村剑心隐于市井，却因旧友大久保利通的密信重入乱局——当年被他“杀死”的志志雄真实竟浴火重生，正暗中织就颠覆日本的巨网。当维新重臣接连倒下，剑心独自踏上救赎之路。京都街头偶遇神秘女忍，新月村中与宿敌初次交锋，而道场的伙伴们也正从四方奔赴这场风暴中心。刀刃将斩断过往，亦将劈开新时代的阴云。当所有人在京都交汇，一场改变国家命运的对决即将爆发……