江户时代，一把妖刀“红樱”划破夜空。武士桂小太郎神秘失踪，他的宠物伊丽莎白向万事屋求助。与此同时，银时也接到追查红樱的委托。线索将众人引向一艘法外之地的空中飞艇——那里盘踞着恶势力，更潜伏着银时昔日的战友、如今的宿敌高杉晋助。鬼兵队的毁灭计划正在酝酿，嗜血妖刀择人而噬。身负重伤的银时，面对双重危机，能否在真选组的协助下扭转乾坤？这场空中对决，将决定江户的命运。