三年前，一场太空灾难撕裂了学园都市的天空。如今，象征人类梦想的宇宙电梯恩底弥翁即将竣工。少年上条当麻与神秘少女茵蒂克丝，偶遇了怀揣歌唱梦想的少女鸣护亚丽莎。就在她获得登上恩底弥翁演唱的宝贵机会时，黑夜中的魔法袭击骤然降临。科学与魔法的阵营在此碰撞，全面战争一触即发。而风暴的中心，正是那位歌声动人的少女——她体内沉睡的秘密，将成为拯救世界，还是毁灭一切的钥匙？当电梯升向星空，她的歌声将决定两个世界的命运。