秋意渐浓，影时间之战临近终局。结城理与特别课外活动部的同伴们，在无数个深夜与异形怪物“阴影”殊死搏斗，只为终结这场永无止境的黑暗。然而，就在希望初现之时，神秘的转校生望月绫时悄然现身。他是敌是友？他的到来是终结的序曲，还是更大危机的开端？在元永庆太郎的执导下，人气游戏《女神异闻录3》迎来动画电影第三章，于秋日的肃杀中，揭开命运对决的最终序幕。