纽约的下水道深处，四位被遗弃的变异龟少年在师父的严苛训练下，成长为身怀绝技的忍者战士。他们渴望阳光下的世界，渴望被人类接纳。当神秘犯罪集团威胁城市，他们与人类盟友艾普首次联手出击。然而，真正的危机才刚浮现——一支强大的变种生物军团突然降临。面对这些与自己同源的恐怖力量，神龟们陷入两难：他们究竟是这座城市的守护者，还是人类眼中必须清除的怪物？一场关乎身份与生存的终极对决，即将撕裂纽约的夜空。