一封神秘挑战书，让本对修学旅行意兴阑珊的工藤新一登上了这艘危机四伏的航船。对方扬言要绑架他的同学，并以他“高中生名侦探”的称号为赌注。当铃木园子在人潮中离奇消失，预告电话再次响起，新一才惊觉，绑架者就在身边——代理班主任、导游、船长、船员，每个人都暗藏秘密。在这片与世隔绝的海上，他必须在下一个受害者出现前，揭开伪装，破解这场针对他而来的致命游戏。