新年添丁，灰太狼为儿子小灰灰的“第一口羊肉”再闯羊村。恰逢百年庆典，慢羊羊坐骑的蜗牛突发异状——百年前的瘟疫即将重演！喜羊羊小队冒险缩小，潜入蜗牛体内破解危机，灰太狼竟也暗中潜入。谁料内部早已分裂为黑白两军对峙，微观世界战火一触即发。当宿敌被迫共处绝境，这场缩微世界的意外冒险，将如何改写草原的命运？
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TMDB评分：7.0(13人评价)
分类：喜剧/家庭/动画
片长：86分钟
上映：2009-01-16
制片地：China
导演：赵崇邦
主演：阿牛/林峯/徐子珊/李团/祖晴
羊村里发现了一只生病的蜗牛，羊羊们抢救蜗牛，慢羊羊村长准备用热缩喷雾把喜羊羊缩小，然后潜入到蜗牛体内给蜗牛治病，但这个计划被灰太狼知道，为了抓住喜羊羊，他也把自己缩小，潜入了蜗牛体内。喜羊羊和灰太狼都进入了蜗牛身体里后，才发现原来生病的蜗牛体内有很多细菌，里面正爆发着一场轰动的细菌大战，这些细菌也分成白色和黑色两派，最终，喜羊羊带领着白细菌，跟灰太狼带领的黑细菌展开了斗争。电影版的故事没有那么简单直白，到最后故事的主轴已经不是羊和狼，而是细菌。其实每个人体内都有很多细菌，黑白细菌的斗争，只是相互获得一个平衡，但他们之间还存在着一个黄细菌，这个黄细菌结合了黑白细菌的力量，所以更加强大，但同时，他又相当高傲，看不起所有人，所以剧情发展到最后，黄细菌就成了电影里最大的反派。至于喜羊羊和灰太狼，最终共同去对付这个更加可恶的黄细菌。
