新年添丁，灰太狼为儿子小灰灰的“第一口羊肉”再闯羊村。恰逢百年庆典，慢羊羊坐骑的蜗牛突发异状——百年前的瘟疫即将重演！喜羊羊小队冒险缩小，潜入蜗牛体内破解危机，灰太狼竟也暗中潜入。谁料内部早已分裂为黑白两军对峙，微观世界战火一触即发。当宿敌被迫共处绝境，这场缩微世界的意外冒险，将如何改写草原的命运？