救世主尼奥觉醒后，人类最后的堡垒锡安却迎来灭顶之灾——两万五千只电子乌贼正汹涌袭来。与此同时，矩阵内部暗流涌动：尼奥与同伴必须找到神秘的“制钥者”，从核心瓦解系统。最致命的威胁来自本该消失的特工史密斯，他竟突破程序限制，获得恐怖复制能力，成为横亘在救世之路上的失控噩梦。当机械大军压境，内部叛徒肆虐，尼奥能否在虚实交织的战场上守护人类最后的火种？