尼奥的意识被困在数字炼狱，身体在现实世界奄奄一息。墨菲斯与崔妮蒂必须闯入由“火车人”把守的禁忌领域，展开一场跨维度的生死营救。与此同时，十万电子乌贼正扑向人类最后的堡垒锡安，钢铁洪流即将碾碎最后的光明。绝境中，尼奥做出惊天抉择——直闯机器核心，与机械主宰进行一场赌上人类命运的谈判。协议达成：他必须进入母体，消灭那个已失控的病毒史密斯。当救世主与灭世程序在数字暴雨中最终对决，两个逆命而行的程序，竟将共同决定真实与虚拟两个世界的存亡。