濑文焚流重伤未愈，世界已陷入更深的危机。自称“卑弥呼”的SPEC持有者血洗国际会议，正式向全人类宣战。当麻与濑文被迫提前出院，追踪神秘消失的青池母女；野野村组长则孤身寻找能扭转战局的疫苗线索。新的超能力者接连现身，杀戮不断升级。而埋藏千年的“前人类”真相即将浮出水面——这已不是调查，而是两个种族间你死我活的战争序幕。最终对决一触即发，人类能否在灭绝边缘找到一线生机？