四千年前，人类因禁忌实验几乎毁灭地球，被迫流亡宇宙。如今，神秘的格诺西斯再度现身，吞噬了整个米尔特亚行星。唯一的线索，被封存在少女M.O.M.O.的意识深处，引来各方争夺。与此同时，贝克达公司研制的纯机械战斗兵器KOS-MOS在飞船遇袭时突然觉醒。研究员卯月紫苑被迫卷入这场漩涡，逐步揭开被掩盖的真相：索哈尔的起源、上位领域的波动、以及人类存亡背后那双无形之手。当机械拥有意志，当记忆成为战场，人类的命运将走向何方？