X档案终结，真相却未终结。穆德与斯科莉被迫分离，一个在监听室消磨时光，一个重返学院课堂。当国会议员透露波多黎各出现外星信号，穆德独自踏上危险征程。斯科莉察觉异样，紧随其后。在阿雷西博，一幅神秘的外星人画像突然出现，而交出画像者随即离奇死亡。特种部队步步紧逼，当地迷雾重重。这一次，他们能否抢在所有人之前，揭开外星来访的终极证据？抑或这本身就是个致命陷阱？