神盾局已分崩离析，但战斗远未结束。第三季，科尔森将带领残部深入未知领域，追捕拥有异能的“异人族”。当世界陷入新的恐慌，神盾局必须在追捕与保护之间做出抉择。最危险的敌人或许并非来自外界，而是潜伏在队伍之中。信任濒临瓦解，真相扑朔迷离，一场关乎人类存亡的隐形战争已然打响。