创世纪0011年，人类濒临灭绝。南极冰融，远古宿敌“堕天翅族”携神话兽重临，疯狂掠夺生命能源。人类最后的希望，深埋在海底遗迹——三台可合体的传说战机“Vector Machine”。然而，唯有心灵纯粹、感知超凡的“Element”少年少女，才能唤醒其最终形态：机械天使Aquarion。当末日兵器与稚嫩灵魂相遇，这些被选中的孩子们，能否驾驭远古之力，扭转人类覆灭的命运？合体之时，即是决战之刻。