公元2203年，银河系中心突发异变——异次元断层撕裂星空，另一星系骤然显现。星际碰撞吞噬无数星辰，连宿敌加米拉斯帝国也濒临毁灭。此时，游荡的“水行星”阿克瓦利斯破空而出，淹没迪因古鲁星，更朝着地球汹涌袭来。地球舰队节节败退，人类存亡系于一线。传奇战舰大和号虽伤痕累累，却承载着最后的希望。而舰长古代进因自责已卸任，面对步步紧逼的迪因古鲁大军与灭世洪潮，他能否重拾信念？更令人震撼的是，已“逝去”的初代舰长冲田十三竟奇迹归来，再度执掌舵轮……星辰大海间，一场关乎文明存续的终极战役即将打响。大和号将劈开命运洪流，为人类寻找最后的生路。