海洋学者之子健一与海伦，目睹神秘飞行物坠入大海。四人前往调查，却被光束吸入宇宙船。自称“吉格拉星人”的女子，为展示力量竟在东京引发毁灭性地震！外星种族因母星海洋污染，企图占领地球的蔚蓝海域，更将人类视为粮食……孩子们侥幸逃脱，银色怪兽却从爆炸的飞船中现身——那才是吉格拉的真身！它在海中极速巨大化，连伽美拉也陷入苦战。当孩子们被拖入万米海沟，人类被迫做出绝望抉择……这是昭和伽美拉系列最终章，以海洋污染为警示，展开一场关乎存亡的深海对决。