当宇宙病毒“代欧奇希斯”撕裂天空，与裂空坐展开毁天灭地的形态对决，整座拉鲁斯市陷入末日逃亡。少年小超在混乱人潮中惊恐发现：本应消失的宿敌为何重现？逃亡途中，他被迫直面内心最深的恐惧——神奇宝贝。一只正电拍拍的求救声，却将他引向更诡异的境地：翻开的垃圾桶里，不仅冲出负电拍拍，更冒出了贪吃的小卡比兽！惊吓过度的小超昏厥之际，危机正以超越想象的速度逼近……当小智一行人赶到，唤醒的却是一个拒绝帮助的倔强少年。而远方的天空，代欧奇希斯的攻击形态正在凝聚毁灭光束——他们能否在城池崩塌前，揭开这场宇宙级灾难背后的真相？