1999年，馆山市的噩梦被一辆卡车悄然运走。几天后，哥斯拉登陆，自卫队苦战，队员家城茜在战斗中背负着战友死亡的阴影活了下来。四年后，人类以初代哥斯拉骸骨为蓝本，打造出终极兵器——机械哥斯拉3式机龙。茜成为它的操作员。然而首次实战，机龙竟被哥斯拉的吼声唤醒原始兽性，在城市中暴走。科学家改良了机龙，但恐惧让高层不敢再动用。直到哥斯拉再度降临，将东京品川化为火海。最终决战一触即发。茜驾驶着这台曾失控的钢铁巨兽，直面夺走她一切的那个怪物。这一次，是机龙吞噬哥斯拉，还是兽性再次吞噬人类？火海之中，茜与机龙的命运，将决定城市的存亡。