在人类最后的秘境“深渊”中，栖息着奇异的生物与失落的遗物。孤儿莉可为了追寻母亲的下落，与失忆机器人雷格一同踏入这深不见底的洞穴。随着深入，他们遭遇了神秘生物娜娜奇，并在第五层遇见被囚禁的少女普鲁修卡——她的命运竟被炼金术士彭多尔多残忍利用。当普鲁修卡化为白笛，三人继续向着第六层“不归之都”前进。那里等待着他们的，是被称为“惨剧终末”的诡异村落，以及深渊最黑暗的秘密。每一次下潜，都是对人性与生存的终极考验。