三年前的空难幸存者夏目智春，一直被青梅竹马的幽灵少女依附着。当他搬进传闻闹鬼的老宅鸣樱邸，一个神秘的手提箱突然交付到他手中——里面沉睡着名为“机巧魔神”的禁忌兵器。自此，世界的真相在他面前撕裂：原来人类早已被神抛弃，眼前的一切皆是废墟之上重建的幻象。而智春被赋予的使命，竟是运用这具兵器拯救这个濒临崩坏的世界。但危机接踵而至：自称恶魔的巫女悄然接近，学生会长身后同样飘浮着幽影，各怀秘密的美少女们接连涌入他的生活。在这栋鬼宅之中，拯救世界的战斗与青春喧闹同时引爆，他究竟该如何抉择？